なんともない話題ではありますが、既存のサイトを公開したまま、index.phpの方で、WordPressを入れて、リニューアルをと思ってたんですが、index.phpもindex.htmlもWordPressのホームディレクトリにリダイレクトされてるようです。
どうしたもんかと思ってたら、簡単に解決する方法がありました。
wp-include内のcanonical.phpファイルを開き、270行目付近にある、以下の一文をコメントアウトするだけです。
$redirect['path'] = preg_replace('|/index.php/*?$|', '/', $redirect['path']);