xserverのマニュアルにもありますが、サブドメインを設定すると、異なるURLで同じサイト（ページ）へアクセス可能になってしまうので、Googleに重複サイトと思われないように以下のように設定した.htaccessを設置します。
解決策
サブドメインのフォルダ直下に以下の設定をした.htaccessを設置します。
サブドメインのアクセスのみを許可して、ドメインでのアクセスを禁止する方法
以下の設定はabc.example.jpでのアクセスのみ許可するという設定になります。
[php]SetEnvIf Host "^abc.example.jp$" host
order deny,allow
deny from all
allow from env=host[/php]
原因
example.jpというドメインにabcというサブドメインを設定すると
http://abc.example.jp/とhttp://example.jp/abc/のどちらでも同じページへのアクセスが可能となってしまいます。
この状態を回避するために、上記のhtaccessを設定することで、abc.example.jpへのアクセスのみ許可しています。
この設定によって、http://example.jp/abc/へのアクセスは拒否されます。